薬学においてバイオマーカー（Biomarker；あるいは生物指標化合物）は、ある疾病の存在や進行度をその濃度に反映し、血液中に測定されるタンパク質等の物質を指す用語である。 さらに一般的にはバイオマーカーは特定の病状や生命体の状態の指標である。